平成24年度補助金に対する群馬県の財政援助団体等監査（平成25年度実施監査）では、公益財団法人に対し、以下のような注意事項がなされています。
・公益財団法人A
（注意事項）
所得税法第１９４条で、給与所得者が扶養控除等の諸控除を受けるためには、毎年初に給与の支払を受ける日の前日までに、給与所得者の扶養控除等申告書を給与の支払者に提出することとなっており、中途就職の場合は、就職後に初の給与の支払を受ける日の前日までに提出することとされている。また、同法第１８５条で、給与の支払者は、給与所得者から同申告書の提出があった場合は「給与所得の源泉徴収税額表（月額表）」の「甲欄」に掲げる税額を、提出がない場合は 同表の「乙欄」に掲げる税額を給与等から徴収することとされているが、給与の支払額に関する計算を電子計算機などの事務機械によって処理している場合には、月額表の甲欄を適用する給与に限り、財務大臣が定める方法によりその給与に対する源泉徴収税額を求めることができる特例（以下「電算機計算の特例」という。）が設けられている。 平成２３年１２月２日に東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法が公布され、平成２５年１月１日から月額表に掲げる税額が変更され、電算機計算の特例についても税額の算式が変更された。当該機関は、職員等の給与を支払うに当たり、電算機計算の特例により源泉徴収をしているが、平成２５年１月から同年４月分まで従前の算式のまま控除したため、１１，５７０円 過小徴収となっていた。