平成28年度～27年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成29年度実施監査)では、公益社団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益社団法人A
（指摘事項）経理を明確に区分すべきもの
公益社団法人Aは、病院を運営するに当たり、局と基本協定を締結しており、同協定第１５条には、指定管理業務を行うに当たり、他の事業と経理を明確に区分しなければならないとしている。ところで、経理の区分について見たところ、公益法人Aで作成される総勘定元帳及び正味財産増減計算書（以下「決算書等」という。）には、指定管理事業は公益的受託事業として経理区分されており、公益社団法人Aから各指定管理事業年度終了後に局へ提出された精算書と相違していることが認められた。この原因について、公益社団法人A及び局は、決算書等には、両年度において指定管理事業とともに他の事業である委託事業が含まれていること、また、平成２７年度においては、公益法人A本部経費である役員退職慰労金引当金繰入８１万５６円と減価償却費４５万７，００７円が含まれていることを認識しているため、適正であるとしている。しかしながら、基本協定には、指定管理事業と他の事業との経理を明確に区分するとしていることから、決算書等において明確に区分すべきである。公益法人Aは、経理を明確に区分されたい。局は、経理を明確に区分するよう公益法人Aを指導されたい。