平成25年度～24年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成26年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）引当金の計上基準に係る記載方法を見直すべきもの
「『公益法人会計基準』の運用指針」では、財務諸表に関する注記における「重要な会計方針」の項目において、引当金の計上基準を記す様式を示している。公益財団法人Aが作成している財務諸表における注記では、重要な会計方針として、退職給付引当金及び賞与引当金については計上基準を記載しているが、貸倒引当金（平成２４年度：８２万１，１９９円、平成２５年度：１０５万５２６円）については、計上基準を記載していない。
（ア）貸倒引当金について
公益財団法人Aが定める財務会計規程では、貸倒引当金の計上基準について、「一般債権については貸倒実績率により、貸倒懸念債権等特定の債権については個別に回収可能性を勘案し、回収不能見込み額を計上する。」としている。一方、決算書における実際の算出方法を確認したところ、企業会計で一般に用いられ、財務会計規程においても定めている貸倒実績率に代えて、税法上選択適用が認められている一括評価金銭債権の法定繰入率を用いて算出している。このため、協会は、財務会計規程と実際の算出方法とを整合させるとともに、計上基準について、重要な会計方針として注記に記載する必要がある。
（イ）賞与引当金について
財務会計規程では、賞与引当金の計上基準について「前期の支給実績に基づき、当期の負担相当額を計上する。」としており、財務諸表の注記においても同様の記載としている。しかしながら、この記載では、具体的な算出方法が明確ではなく、また、決算書における実際の算出方法は、翌期の支給見込額のうち当期に属する月数の割合を乗じる一般的な方法となっていることから、「従業員に対する賞与の支給に備えるため、支給見込額の当期負担分を計上する。」など、一般に使用されている記載とすべきである。公益財団法人Aは、引当金の計上について、財務会計規程と実際の算出方法とを整合させるとともに、財務諸表による情報開示が適切なものとなるよう、財務会計規程及び注記における計上基準に係る記載方法を見直されたい。