平成25年度～24年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成26年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）仕組債の償還・購入について
公益財団法人Aは、平成２５年７月９日に、基本財産である５億円の仕組債が期限前に償還されたことから、平成２５年７月２２日に、額面５億円の別銘柄の仕組債を基本財産として購入している。しかしながら、この仕組債の償還・購入という一連の取引が、財団が持つ証券会社との取引口座には記録されているが、総勘定元帳等には記帳されていないことを確認した。
（ア）総勘定元帳へ記帳すべきもの
これらの取引は、取引実態を会計上適切に表すという公益法人会計基準の一般原則である「正規の簿記の原則」に基づき、仕組債の償還時には「基本財産（投資有価証券）」という資産の減少として、また、仕組債の購入時には「基本財産（投資有価証券）」という資産の増加として、総勘定元帳等に記帳する必要がある。したがって、５億円もの仕組債の償還・購入が総勘定元帳等に記帳されてない状況は、適正ではない。公益財団法人Aは、仕組債の償還・購入について、総勘定元帳等へ記帳されたい。
(イ) 財務諸表に対する注記への記載を適正に行うべきもの
公益法人会計基準の第５財務諸表の注記「基本財産及び特定資産の増減額及びその残高」は、貸借対照表の基本財産及び特定資産の期中の増減内容を説明するための注記項目である上で述べた財団の基本財産である仕組債については、期中の償還と購入により５億円の減少及び増加が生じているため、この増減内容は、総勘定元帳等への記帳とともに公益財団法人Aの平成２５年度の財務諸表に対する注記「基本財産及び特定資産の増減額及びその残高」への記載が必要となるが、記載されておらず、適正ではない。公益財団法人Aは、財務諸表に対する注記への記載を適正に行われたい。