平成24年度～23年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成25年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）補助金を返還するべきもの
公益財団法人Aは、平成１５年の統合により財団法人B協会からリゾート施設会員権を引き継ぎ、この会員権を時価より高い帳簿価格で資産計上し、中小企業に働く人々の健康管理等の促進を図るためにリゾート施設を提供する健康増進施設提供事業を自主事業として実施している。その後、平成２１年度に、この会員権の一部を売却し、帳簿価格と売却価格との差額を譲渡損失として計上している。平成２４年２月に行われた税務調査（対象年度：平成２０年度～平成２２年度）では、譲渡損失の額は、税務処理上、帳簿価格ではなく引継時の時価と売却価格との差額で計上するべきと指摘され、公益財団法人Aは、法人税、法人事業税等４８２万４，０００円（以下「不足税額」という。）と、これに係る延滞税及び加算税４９万２，０００円を納税している。ところで、公益財団法人Aにおいて、平成２４年度の公益財団法人A管理運営費補助金の執行状況について見たところ、不足税額は補助金の算定に含めていなかったにもかかわらず、延滞税及び加算税については補助金の算定に含めていたことが認められた。不足税額と延滞税及び加算税は、自主事業である健康増進施設提供事業に係る財産から生じたものであることから、延滞税及び加算税を公益財団法人A管理運営費補助金の算定に含めることは適切でない。このため、延滞税及び加算税に係る補助金４９万２，０００円が過大となっている。公益財団法人Aは、延滞税及び加算税に係る補助金を返還されたい。局は、補助金交付額の確定に当たり審査事務を適切に行うとともに、公益財団法人Aに対して補助金の返還を求められたい。