平成24年度～23年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成25年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）敷金に係る会計処理を適正に行うべきもの
公益財団法人Aは、「B大会」等を実施する国際交流事業や、選手の育成・強化と指導者の資質向上を図る競技力向上事業の拡充を図るため、平成２４年２月に事務室を移転する必要が生じた。このため、公益財団法人Aは、平成２４年２月２９日、事務室賃貸借契約（契約期間：平成２４．３．１～平成２６．２．２８、月額賃料：４６万４，７９２円、敷金：４６４万７，９２０円、契約相手方：C）を締結した。ところで、敷金に係る会計処理の勘定科目について見たところ、公益財団法人Aは、敷金の全額（４６４万７，９２０円）を経常費用の「賃借料」としていた。しかしながら、複数年契約の事務所の敷金については、原則として、退去時には全額が返金されることから、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（平成１８年法律第４８号）及び公益法人会計基準に基づき、固定資産の「敷金」とする必要がある。公益財団法人Aが、事務所の敷金を固定資産の「敷金」に計上せず、経常費用の「賃借料」として会計処理したことは、適正でない。公益財団法人Aは、敷金に係る会計処理を適正に行われたい。