平成28年度補助金に対する岐阜県の財政援助団体等監査（平成29年度実施監査）では、公益財団法人に対し、以下のような指導事項等がなされています。
・公益財団法人A
（指導事項）平成28年度の決算において、次の不適正な事項が認められたので、今後は適正に処理されたい。
１、貸借対照表及び正味財産増減計算書について、基金の取崩しに関連して生じた正味財産の状態及び正味財産増減の状況を正しく表示していなかった。
２、財務諸表に対する注記について、基金積立預金に関する一般正味財産から指定正味財産への振替を表示すべきところ、表示していなかった。
３、正味財産増減計算書内訳表について、収益事業等から生じた利益の一部は公益目的事業を行うために使用し、又は処分しなければならないものとして、公益目的事業へ振り替えるべきところ、振り替えていなかった。
・公益財団法人B
（指導事項）
平成28年度の決算において、収益とそれに対応する費用とを同一会計年度に計上すべきところ、点検業務の受託期間が翌年度にわたることから収益が計上されていないものの、点検業務の一部を外部に委託する費用のみを計上したため、同一会計年度での計上となって いなかったので、今後は適正に処理されたい。