平成28年度補助金に対する大阪府の財政援助団体等監査（平成29年度実施）では、公益財団法人に対し、以下のような指摘事項等がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）
平成27年４月30日に取得したソフトウェア２件は、異なる固定資産であるにもかかわらず、取得日・耐用年数ともに同一であることから、固定資産台帳上に一括して登録していた。 また、それぞれ取得価額が異なっているため、どちらか一方を除却する場合には対象資産の除却時の簿価を算出する必要があるため、取得時の資料に遡って取得価額を確認しなければならない状態となっていた。
・公益財団法人B
（検出事項）賞与引当金算定の正確性について確認したところ、以下の事項が検出された。
１、賞与に対して社会保険料等（健康保険料、介護保険料、厚生年金保険料 及び雇用保険料）が発生することから、賞与引当金の算定に当たっては法人負担の社会保険料等を考慮すべきであるが、考慮されていない。このため、社会保険等の料率を15％とすると、3,800,954円（賞与引当金既計上額25,339,694円×社会保険等の料率約15％）が過小計上となっている。
２、賞与引当金は、翌期に支給する職員の賞与のうち、支給対象期間が当期に帰属する支給見込額について設けられる引当金であるから、４月１日以降採用予定者分は考慮すべきではないが、算定資料を確認したところ、４月１日 以降採用予定者分が賞与引当金の計算に含まれていた。このため、246,140円（採用予定者２名支給予定額430,746円×４/７）過大計上となっている。
３、賞与引当金の計算において、６月度の支給率を適用すべきところ、12月度の支給率が適用されていた。このため、６月度の支給率で計算した賞与引当金は23,570,868円であり、 1,768,826円過大計上となっている（既計上額25,339,694円）。
上 記 の１から３を合計すると賞与引当金は1,785,988円の過小計上となっている。