平成26年度補助金に対する大阪府の財政援助団体等監査（平成27年度実施）では、公益財団法人に対し、以下のような検出事項等がなされています。
・公益財団法人A
（検出事項）償却額が費用となるものに限り償却原価法を適用することは、過度に保守的な会計処理となっているため、公益法人会計基準注解及び公益法人会計基準に関する実務指針に従い、差額の重要性により適用の有無を判断されたい。
１、公益法人会計上、固定資産の計上に係る基準は各法人の判断に委ねられており、各法人は会計規程等において当該基準を設定している。公益財団法人Aでは、平成21年に会計規程を改定しており、改定前の会計規程では耐用年数が１年以上かつ取得価額が20万円以上のものを固定資産として計上する基準を定めていたものの、改定後の会計規程では当該計上基準は削除されていた。そのため、改定後は改定前の基準を準用して運用が行われている。
２、固定資産の実査が適切に行われない場合、固定資産の紛失や遊休などの状況を適時に認識できなくなる懸念がある。しかし、会計規程において、固定資産台帳と現物の照合に係る定めがなく、実際に商号は実施されていた。
・公益財団法人B
（検出事項）公益財団法人Bは、５つの公益目的事業会計と法人会計に区分し会計処理を行っている。
公益目的事業会計のうち、C博物館事業会計及びD博物館事業会計に関する事務管理業務については、法人本部事務職員が担当している。平成25年度から従事実態を考慮して、人件費をそれぞれの事業会計に配賦している。しかし、各事業の従事割合等客観的な配賦基準に基づくものではなく、毎期異なる配賦方法で当該職員の人件費に係る配賦計算が行われていることから、実態を適切に反映した人件費の配賦計算が行われているのか判断できない。