平成24年度補助金に対する北海道の財政援助団体等監査では、公益財団法人、公益社団法人に対し、以下のような指摘がなされています。(平成25年度実施監査)
①補助事業より生じた収入を補助対象経費から控除していなかった事例
（公益社団法人A）
観光プロモーション推進事業にかかる補助金について、当該事業により生じた広告料収入を補助対象経費から控除しなかったことから、補助金34万2,000円が過大となっていた。
（公益社団法人B）
長期滞在型観光促進事業、北海道観光プランディング事業及び北海道観光誘致推進事業に係る負担金について、これら事業に係る委託契約料に委託先が団体に支払うサーバー利用料を負担金事業費から控除しなかったことから、負担金6万4,320円相当が過大となっていた。
②実績報告書の未提出
（公益財団法人C）
新千歳空港周辺地域振興基金運用益見合補助金を財源として団体が実施する助成金事業において、交付対象者から実績報告が提出されず、額の確定を行っていない事業があった。