平成24年度～23年度補助金に対する、秋田県の財政援助団体等監査では、公益財団法人、公益社団法人に対し、以下のような指摘がなされています。

平成２５年度

・公益社団法人A

（指摘事項）

新規参入円滑化等対策事業に係る未収金が新たに発生しているので、その回収及び今後の発生防止に努めること。また、家畜導入事業等に係る過年度未収金について、一部が回収されているものの、なお多額の残額があることから、その回収に一層努めること。

・公益財団法人B

（指摘事項）

機械類貸与事業等に係る未収金が新たに発生しているので、その回収及び今後の発生防止に努めること。また、過年度未収金について、一部が回収されているものの、なお多額の残額がある。

平成２４年度

・公益財団法人C

（指摘事項）

機械類貸与事業等に係る未収金の回収に一層努めること。

平成26年度～25年度補助金に対する秋田県の財政援助団体等監査では、公益財団法人、公益社団法人に対し、以下のような指摘がなされています。

（平成２７年度実施監査）

・公益財団法人A

（指摘事項）

正規の勤務時間を超えて勤務した職員に対して時間外勤務手当を支給しているが、時間外勤務時間に係る書類の整備が不十分である。

（平成２６年度実施監査）

・公益財団法人B

（指摘事項）

機械類貸与事業等に係る未収金が新たに発生しているので、その回収及び今後の発生防止に努めること。また、過年度未収金について、一部が回収されているものの、なお多額に上っている。

・公益社団法人C

（指摘事項）

（ア）家畜導入事業等に係る過年度未収金について、一部が回収されているものの、なお多額に上っている。

（イ）職員に対して法定労働時間を超える勤務を命じるにあたり、労働基準法第３６条第１項に規定する書面による協定の締結及び行政官庁への届け出を行っていない。