平成24年度補助金に対する群馬県の財政援助団体等監査(平成25年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。

・公益財団法人A

（指摘事項）

当該団体は、団体で定めた賃金規程等に基づき賃金等を支給しているが、次のとおり賃金、手当等の支給について適正を欠くものがあった。

（１）事務局長及び国際部長の賃金について職員の賃金は、財団法人A賃金規程（以下「賃金規程」という。）により支給するとされているが、当該団体の事務局長及び国際部長の賃金は、賃金規程で定める職務給表等により支給されていなかった。

（２）時間外手当の支給について時間外手当は、賃金規程第１９条第１項において、職員が業務命令により、所定の勤務時間を超えて労働した場合には、時間外勤務手当を支給するとされているが、時間外勤務命令簿及び実績簿など時間外勤務を行った時間を特定する書類が作成されていなかった。

（３）通勤手当の支給について契約職員の通勤手当は、財団法人A契約職員就業規則により、賃金規程を準用し、交通機関を利用する者は、経済的かつ合理的と認められる通勤経路による、交通機関の６ヶ月定期券相当額を支給するとされている。当該団体は、契約職員６名について、交通機関の６ヶ月定期券相当額で通勤手当を認定していたが、実際の支給額は実費相当額で支給していた。また、契約職員４名については、本来、出張旅費として支給すべきものが、通勤手当として支給されていた。