平成25年度補助金に対する山梨県の財政援助団体等監査（平成26年度実施監査）では、公益財団法人に対し、以下のような指導事項等がなされています。
・公益財団法人A
〔指導事項〕
１、財務諸表に対する注記（固定資産の減価償却の方法）について、リース資産の減価償却の方法の注記が記載されていなかった。
２、未収金に対する貸倒引当金の計上基準について、法人の定めがなかった。
３、消費税の会計処理は税込方式によっているが、前回の監査において税抜処理されているものがあったが、今回も同様に、報償金支出について税抜処理されているものがあった。
４、修繕請負契約において、契約保証金額の欄に「保証金額」の記載が漏れていた。また、保証金に代えて保証会社の保証書を契約保証の担保として徴していたが、公社財務規程 は保証会社の保証書をもって契約保証金の納付に代える旨が記載された条項が認められなかった。
・公益社団法人B
〔指導事項〕
一部の講師への謝金について、所得税を源泉徴収していなかった。
・公益財団法人C
［指摘事項］
支援資金貸倒損失引当金が特定資産の控除項目として計上されていた。この引当金は、前回監査で引当根拠がないものとして指導された支援資金免除引当金を取崩し、同額を特定資産の控除項目として計上したものである。支援資金の貸倒引当金は公益財団法人A支援資金貸倒引当金規程及び同貸倒引当基準に基づく必要額が、その他固定資産の控除項目として別に計上されていることから、支援資金貸倒損失引当金は上記規程及び基準に基づかない引当金として過大計上されていた。この過大計上により、結果として、資産及び利益が2,022,050円圧縮されていた。
・公益財団法人D
〔指導事項〕
１、長期未収金が次のとおり認められた。（決算日現在） 支援資金貸付金の償還金（5名） 5,461,000円。
２、退職給付引当金が平成25年度末において1,072,003円過大に計上されていた。
３、貸借対照表等の内容を補足する重要な事項を表示する附属明細書において、引当金の明 細を表示しなければならないとされているが、貸倒引当金及び就農支援資金貸倒損失引当金の明細の記載がなかった。
４、平成25年7月１日から平成26年3月31日までの課税期間分の消費税及び地方消費税の確定申告において、特定収入割合が５％を超えているため特定収入に係る課税仕入れ等の税額は仕入税額控除の対象にはならないが、特定収入に係る課税仕入れ等の税額を含めたまま仕入控除税額が計算されているため、過少申告となっていた。
５、流動資産に計上されている有価証券12,896,402円は、市場価格のある国債で運転資金の目的で保有しているものであり、満期保有目的の債権には該当しないが、満期保有目的の債権の評価方法である償却原価法で評価され、時価評価されていなかった。