平成28年度補助金に対する山梨県の財政援助団体等監査（平成29年度実施監査）では、公益財団法人に対し、以下のような指摘事項等がなされています。

・公益財団法人A

［指摘事項］

前回監査において、満期保有目的の債券のうち第 139 回長期国債について、計算誤りにより帳簿価額が過少計上となっていたことから、指導事項とした。この監査結果に基づく措置状況において、「再度、有価証券整理簿を精査し、償却原価法の計算方法を正しいものに訂正を行った。」と回答があったが、今回の監査においても、一部の長期国債の帳簿価額に償却原価法（定額法）の計算誤りがあった。

〔指導事項〕

１、職員の給与に関する規程第 6 条において、「職員の給料の支給については、山梨県一般職の職員の例による。」と定められているが、傷病休暇により月の全日数を勤務していない職員に通勤手当が支給されていた。

２、時価評価していた有価証券について、平成 28 年度決算において評価方法を変更し償却原価法により評価していたが、重要な会計方針の変更の注記がされていなかった。

・公益財団法人B

〔指導事項〕

１、6 月支給の期末・勤勉手当について、支給対象期間は12 月1 日から5 月31 日の6か月であり、3 月末決算のため支給総額の6か月分のうち4か月分を賞与引当金として計上する必要があるが、計上されていなかった。また、賞与引当金に対する社会保険料についても、未払費用として計上する必要があるが、計上されていなかった。

２、法人税法上、収益事業の退職給付引当金を計上しているが、収益事業の退職給付引当金 を法人会計で一元管理するとして法人税別表 4で全額を認容減算している。当該収益事業の職員は、退職しておらず退職金も支給していないことから、法人税法上は損金に算入するのは誤りであり、結果的に未払法人税等が過少に計上されていた。