平成25～23年度補助金に対する神奈川県の財政援助団体等監査では、公益財団法人に対し、以下のような指摘事項等がなされています。

（平成26年度実施）

・公益財団法人A

（不適切事項）

支出事務において、消費税及び地方消費税の会計処理に当たり、過年度の税額計算に誤りがあり、修正申告により不足税額26,234,900円と延滞税693,200円を納付していた。

（平成25年度実施）

・公益財団法人B

（不適切事項）

補助金事務において、県に神奈川県私学教職員退職基金財団補助金の交付を申請するに当たり、申請額の算定を誤り、補助金 5,720 円を過大に受けていた。

・公益財団法人C

（不適切事項）

補助金事務において、「公益財団法人A補助金交付決定通知書」及び「運営費補助金交付決定通知書」に定められた消費税仕入控除税額報告書を県に提出していなかった。また、これにより、「公益財団法人A補助金」 については、消費税仕入控除税額相当分 573,446 円が返還されていなかった。

（平成24年度実施）

・公益財団法人D

（指摘事項）会計事務処理において、次のとおり誤りがあり、事務処理が著しく不適切であった。

(ｱ) 投資有価証券の時価評価に伴い投資組合評価損を計上するに当たり、前期の評価額と異なる価格を基に当期評価損益を算出したため、投資組合評価損が25,000,000円過大となっていた。

(ｲ) 貸倒引当金の算定に当たり、金融商品会計基準に準じた算定方法に実務を改めたにもかかわらず、根拠となる財務規程細則を見直していなかった。