平成27年度補助金に対する山梨県の財政援助団体等監査（平成28年度実施監査）では、公益財団法人に対し、以下のような指摘事項等がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）
前回監査において、流動資産に計上されている有価証券は、市場価格のある国債で運転資金の目的で保有しているものであり、満期保有目的の債権には該当しないが、満期保有目的の債権の評価方法である償却原価法で評価され、時価評価されていなかったことから指導事項とした。この監査結果に基づく措置状況において、「運転資金としていた有価証券について、これまで取崩が無かったため、満期保有目的の債権と同じ評価をしていたが、保有目的が異なるので平成 26 年度から時価評価する」との回答があったが、今回の監査においても、流動資産の有価証券を計上しているが時価評価されておらず、過大計上となっていた。
・公益財団法人B
（指摘事項）
常勤の理事の期末手当の額については、「(公益財団法人B役員等の報酬等に関する規程」の第 4 条第 2 項において、「公益財団法人B給与規程の規定の例により算定した額とする。」と定めているが、算定に誤りがあり過払いとなっていた。（平成 27 年度過払額 483,200 円）
〔指導事項〕
1、収入印紙及び郵便切手の期末残高が、貸借対照表及び財産目録において資産計上されていなかった。
２、乗用式ではない小型除雪機について
（１）勘定科目を「什器備品」とするのが適当であるところ、総勘定元帳において「車両運搬具」としていた。
（２）貸借対照表及び財産目録の表示科目において「小型除雪機」としていた。