平成28年度補助金に対する長崎県の財政援助団体等監査（平成29年度実施監査）では、公益財団法人に対し、以下のような指摘事項等がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）勘定科目について当法人の会計処理規程に、「会計処理に必要な勘定科目は、別に定める」と規定されているが、定めがない。適正な処理を行うこと。
・公益財団法人B
（指摘事項）郵便切手の管理について郵便切手の管理については、宛先や使用枚数等を記載した台帳を作成しているが、受入額や残高が記載されていないため、郵便切手の実在高と台帳との照合ができない。郵便切手受払簿を整備し、郵便切手を適正に管理すること。
・公益財団法人C
（指摘事項）物品台帳と現物との照合について当法人の会計処理規程において、「各会計年度において1 回以上物品台帳と現物の照合を行うものとする」と規定されているが、当年度の照合が行われていない。適正な事務処理を行うこと。
・公益財団法人D
（指摘事項）休日振替に係る割増賃金支給について週休日等に職員が勤務し、同一週以外の週に振替休日を取得した場合において、労働基準法に基づく割増賃金を支給していないものがある。 週の法定労働時間を超えて勤務させる場合は割増賃金を支給すること｡
・公益財団法人E
（指摘事項）現金の管理について現金の管理について、事故を防止する観点から次のとおり是正すべき点があるので、適正な事務処理を行うこと。
(ｱ) 現金の照合について スポーツ合宿施設の冷暖房利用に係る現金（機械に投入した硬貨）の回収について、現地で複数職員による計数確認をせず、事務所に戻ってから確認している。
(ｲ) 現金出納帳について登録料を現金で受領し 、当日に銀行へ預け入れすることができない場合は、事務所内の金庫に保管し、翌日に預け入れしているが、現金出納帳に記載していない。