平成27年度～26年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成28年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）補助対象事業の実績を徴すべきもの
「平成27年度公益財団法人Aが行う事業に係る補助金交付要綱」に基づき財団に交付している補助金(10億8,221万1,368円)について、財団が局に提出した事業実績報告書を見たところ、補助事業実績について具体性に欠ける報告を行っている事業が２事業(補助金確定額1憶73万6,566円)あることが認められた。財団及び局は、後日別の資料により補助金対象事業の実績を報告・確認したとしているが、補助金の精算に当たり、要綱に基づく事業実績報告書により補助事業に係る規模等を局が確認しておらず、適切でない。財団は、補助事業に係る規模等を事業実績報告書に記載して局に報告されたい。局は、補助対象事業の実績を徴されたい。