平成27年度～26年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成28年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）補助金の実績報告書を経理内容に基づき適正に作成すべきもの
公益財団法人Aは「平成27年度公益財団法人Aに対する補助金交付綱領」に基づき、吐噶喇の補助金の交付を受けて事業を実施している。ところで、公益財団法人Aが都に提出した実績報告書を見たところ、事業実績内訳書のうち派遣事業費の額が公益財団法人Aの総勘定元帳に記帳されている費用の金額より、158万132円過大となっている。これは、公益財団法人Aから他団体に概算払いした旅費等の一部が年度末に戻入されたが、公益財団法人Aが実績報告書を作成するときに戻入分を対象経費から差し引かなかったことによるものである。公益財団法人Aは、実績報告書を適正に作成するとともに、過大に交付されている補助金を返還されたい。また、局は事業実績報告書の確認を誤りなく行われたい。