平成27年度～26年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成28年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）債権管理を適切に行うべきもの
B病院で、病院の平成２７年度貸借対照表には、過年度医業外未収金１８万９，５４２円、また、過年度その他未収金３２万７，１０４円が計上（合計金額：５１ 万６，６４６円）されている。これらの債権は、退職した職員の職員住宅光熱水費や手当等返納金が未返済となっているものであり、病院は、督促、催告等の債権回収に向けた交渉を行い、その状況について記録し、債務者について必要な資料を整えておく必要がある。しかしながら、病院の債権管理状況を見たところ、病院には債権管理台帳等納付交渉の記録された台帳等が整備されておらず、また、監査日（平成２８．１０．１３）現在、催告等の納付交渉が行われていない状況となっていることが認められた。このため、債務者は所在不明であり、また、時効の起点の時期も時効到来日も不明であり、債権管理がされていない状況にあり、適切ではない。公益財団法人Aは、過年度医業外未収金及び過年度その他未収金について、債権管理を適切に行われたい。