平成26年度～25年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成27年度実施監査)では、公益社団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益社団法人A
（指摘事項）
（１）公益社団法人Aは、決算書に計上している指定管理に要した費用のうち、指定管理料の金額を上回っている額を事業報告書に記載していない。また、指定管理に係る協会の収益は、都からの受託収益（指定管理料）の他に寄附金及び雑収益があるが、局が定めている事業報告書の様式には収益を記載する欄がなく、公益社団法人Aは収益を報告していない。
（２）財務会計規程（平成２１年７月１日規定第８号）第６５条では、契約の相手方を決定したときは、契約書を作成するものとしている。作成原議を確認したところ、公益社団法人Aは契約書を作成していなかった。このことは、契約書が契約内容を証明するものであるにもかかわらず、公益社団法人Aは契約書の存在を確認せず請求書のみで代金４５６万８，５８０円を支払ったこととなり、適正でない。また、局は、作成に係る分担金の支出について、事業終了後、分担金の精算額の検査を行っているが、この際に契約書が作成されていないことを看過しており適正でない。公益社団法人Aは、契約事務及び経理事務を適正に行われたい。局は検査を適正に行われたい。