平成26年度～25年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成27年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）
（１）６月に支給する賞与の支給対象期間は、前年１２月から当年５月となっており、会計処理においては、前年度の１２月から３月までの４か月分について前年度の費用（給料手当及び法定福利費）として計上し、同額負債科目（賞与引当金又は未払費用）へ計上する必要があるところ、公益財団法人Aは引当金等を計上していない。 平成２５年６月及び平成２６年６月に支給した賞与について、前年度の費用として公社が計上すべき金額を計算すると、平成２４年度に計上すべき金額は１４８万５，９０８円、平成２５年度に計上すべき金額は１４９万３，４８１円となる。公益財団法人Aは、賞与等の会計処理を適正に行われたい。
（２）公益財団法人Aは、平成２６年３月及び平成２７年３月に実績がある超過勤務に対する手当を、平成２６年４月及び平成２７年４月に支給している。これら超過勤務手当は、それぞれ前年度である前月分の勤務実績に係る手当の支給であるため、発生主義会計に基づき、超過勤務の実績がある年度の費用（給料手当）として計上し、同額を負債科目（未払金等）へ計上する必要があるところ、公益財団法人Aは超過勤務の実績がある年度に費用等を計上していない。 平成２６年３月及び平成２７年３月に実績がある超過勤務手当について、当年度の費用として公益財団法人Aが計上すべき金額を計算すると平成２５年度に計上すべき金額は６０万４，２４２円、平成２６年度に計上すべき金額は９万３，５６２円となる（監査事務局試算）。 公益財団法人Aは、超過勤務手当の会計処理を適正に行われたい。