平成25年度～24年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成26年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）補助金の交付を適切に行うべきもの
局は、公益財団法人A事業補助金交付要綱（昭和５９年７月５日付５９総学一第１７２号）（以下「交付要綱」という。）に基づき、公益財団法人A（以下「財団」という。）に対して、平成２５年度は、私立学校教育研究費補助事業等１０の事業を一つにまとめて補助金の交付を行っている。また、財団は、当該補助金を活用して、各学校等へ助成金を交付している。
①私立学校教育研究費補助事業について、局は、９月と１月に財団へ補助金を交付していることから、財団が学校等へ助成する時期について見たところ、９月に交付した補助金について、財団は、学校等へ９月下旬に助成していたものの、１月交付の補助金については、３月下旬に各学校へ助成していることが認められた。しかしながら、財団が作成している事務処理フローによれば、財団が学校へ助成金を交付する時期は、３月下旬となっている。補助金は、財団が各学校へ助成する時期までに局が財団へ交付すれば良いものであることから、１月に交付する必要性はなく、財団が学校へ助成する直近となる３月に行うことが適切である。
②私立幼稚園防災備蓄倉庫整備費補助事業について、局は、９月と３月に財団へ補助金の交付していることから、補助金の精算状況について見たところ、平成２６年５月中旬に、局は財団から補助金の返還を受けていることが認められた。しかしながら、整備が完了した後、幼稚園が財団に申請する期限は、平成２６年１月３１日であることから、３月初めに補助金の変更を行う際に申請状況を把握して、適切に変更交付決定を行っていれば、過大な補助金を交付することもなく、返還金に対する事務処理も不要となったものである。概算払いは、履行期の到来を待たずに概算額をもって支払うものであるから、当該事業の進捗状況や経理状況等を把握し、不要不急の資金交付とならないよう留意すべきである。局は、補助金の交付を適切に行われたい。