平成24年度～23年度補助金に対する東京都の財政援助団体等監査(平成25年度実施監査)では、公益財団法人に対し、以下のような指摘がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）補助金の執行を適切に行うべきもの
公益財団法人Aにおいて、B支援事業とC振興事業の執行状況について見たところ、以下の状況が認められた。
(ア)局は、B支援事業補助金交付要綱に基づき、企業情報や下請企業に係る受発注情報などを提供する運営事業に要する経費について補助金を交付している。ところで、公益財団法人Aは、平成２３年度のB支援事業補助金において、情報セキュリティ強化に係るサポートアドバイザーへの報償費１０８万円を補助金の算定に含めている。しかしながら、当該サポートアドバイザーの業務は、情報セキュリティに関する全社的取組として年次計画の策定及びそれに基づく取組の支援等であり、中小企業データベースの運営に係るものでは無いこと、同様の業務について平成２４年度では公益財団法人A管理運営費補助金の算定に含めていることから、これをB支援補助金の算定に含めることは適切でない。
(イ)局は、C振興事業費補助金交付要綱に基づき、公益財団法人Aが行う下請企業の振興事業に要する経費について補助金を交付している。 ところで、公益財団法人Aは、平成２４年度のC振興事業費補助金において、データベースのサーバ設置場所の変更、ソフトウェア更新・改修等に伴う経費４６１万５，３４５円を補助金の算定に含めている。しかしながら、当該経費は、データベースの運用形態の変更等を目的としたものであることから、運営支援補助金の算定に含めるべきであり、C振興事業補助金の算定に含めることは適切でない。局は、これらの状況を認め、両補助金を精算しており、適切でない。公益財団法人Aは、補助金の執行を適切に行われたい。 局は、補助金の審査を適切に行われたい。