平成24年度補助金に対する群馬県の財政援助団体等監査（平成25年度実施監査）では、公益財団法人に対し、以下のような指摘等がなされています。
・公益財団法人A
（指摘事項）
所得税法第１８３条で、給与等の支払をする者はその支払の際、その給与等について所得税を徴収することとされている。徴収すべき所得税の額は、賞与以外の給与等については同 法第１８５条により同法別表第二に掲げる税額と、賞与については同法第１８６条により同法別表第四に掲げる税率を賞与額に乗じた税額とそれぞれ定められている。当該団体では、給与等及び賞与を支払う際に、所得税法の規定による税額を誤って徴収したため、平成２３年４月から平成２５年８月までの間、所得税を２４２，７８６円、過大に徴収していた。